Josef Matěj Navrátil byl vynikající malíř - krajinář, ale nejvíce proslul svými zátišími, figurálními malbami a jejich skicami. V jeho obrazech dochází k míchání nejrůznějších stylů, ve skicách se dostává až na pokraj impresionismu. Jeho nástěnné malby z tohoto raného období zdobí dodnes různé objekty v Praze a to včetně Pražského hradu či Poštovního muzea, dále pak zámky v Liběchově, Ploskovicích, Zákupech, Jirnech (s jeho známým Alpským pokojem) a jinde. Na císařském zámku v Zákupech při jeho úpravách jako budoucího sídla císaře v letech 1850 - 1853 Navrátil s pomocníky vyzdobil na 20 pokojů historickými a žánrovými obrazy, ornamenty a  alegoriemi. První souborná výstava jeho díla se bohužel uskutečnila až posmrtně v roce 1909 v pražském Rudolfinu. V roce 1952 po něm byla pojmenována ulice poblíž Karlova náměstí v Praze.